在确认构成单位犯罪的时候，就需要按照《刑法》中的规定进行处罚。而此时对单位犯罪处罚采取的是双罚制，与自然人犯罪的处罚不同。那究竟该如何对单位犯罪进行处罚呢？
关于单位犯罪的处罚，在刑法理论上存在单罚制与双罚制之分。单罚制，又称为代罚制或者转嫁制，指在单位犯罪中只处罚单位中的个人或者只处罚单位本身。总之，在单位与个人之间只处罚其中之一。双罚制，又称为两罚制，指在单位犯罪中，既处罚单位又处罚单位中的个人。
在刑法修订以前，1979年刑法中有单罚制的规定，例如刑法第127条规定：“违反商标管理法规，工商企业假冒其他企业已经注册的商标的，对直接责任人员，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金。”这一规定，实际上是对单位犯罪采取单罚制，即只处罚单位中的直接责任人员。但由于当时并不承认单位犯罪，因此刑法理论上没有从单位犯罪的角度对此加以理解。1987年，我国《海关法》首次规定了单位犯罪，并确立了两罚制。
《海关法》第47条规定：“企业、事业单位、国家机关、社会团体犯走私罪的，由司法机关对其主管人员和直接责任人员依法追究刑事责任，对该单位判处罚金，判处没收走私货物、物品、走私运输工具和违法所得。”此后，我国刑事立法对单位犯罪大多规定了两罚制。应该说，单罚制与两罚制相比较，两罚制更为科学。
这是因为，单位是一个具有整体性和组织性的主体，因而它应当对其意志支配下的犯罪活动承担刑事责任，而不能将这个责任推卸或转嫁给他人。因此，作为刑事责任必然后果的刑罚，也就应当加诸单位本身。
同时，单位毕竟是个人的组合体，个人是单位存在的基础。因而，既然我们把作为自然人的直接负责的主管人员和直接责任人员的行为认定为单位的整体行为，把他们的决定、决策视为单位意志的表现，并且这些人也是有权代表单位作出各种决定和决策并具体地实施犯罪行为，那么，他们就应该对由自己决定实施的单位的犯罪行为承担刑事责任，而不能将这种刑事责任全部推脱或转嫁到单位身上。
因此，也就应当对单位犯罪的直接负责的主管人员和直接责任人员进行处罚。这实际上还是由个人承担的单位的刑事责任，处罚的主体还是一个，即单位，只不过刑事责任的承担者有别罢了。由此可见，两罚制不是对两个主体，而是对一个主体即单位的整体处罚，是同一刑事责任根据单位成员在犯罪中所处的地位和作用而作的不同分担，是对单位的犯罪行为的综合性的全面处罚。
因此，对单位犯罪实行两罚制，既处罚单位又处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员，能够反映对单位犯罪的全面的刑法的否定评价，有利于遏制单位犯罪。当然，在某些情况下，犯罪虽然是以单位形式实施的，但实际上社会危害性主要反映在个人的行为上，因而没有必要对单位进行处罚，只须处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员。在这种情况下，实行只处罚个人的单罚制也是必要的。
根据以上情况，刑法第31条对单位的处罚作出以下规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。”由此可见，我国刑法对单位犯罪实行以两罚制为主，以单罚制为辅的处罚原则。
我国法律中规定对单位犯罪处罚一般适用的是双罚制，此时既要对单位的主管人员或直接责任人员进行处罚，同时也要追究单位的法律责任。而具体是怎么处罚的，则还需要看所犯罪名的规定是怎样的。