传染病防治失职罪未遂应当按照既遂的犯罪事实标准来减轻处罚或者从轻处罚，一般可以处三年以下有期徒刑，特别是对于卫生行政部门的工作人员，应当追究相关的法律责任，具体情况结合实际而定。
一、传染病防治失职罪未遂怎么判罚?
应当对照既遂的标准从轻处罚或者减轻处罚，《刑法》第四百零九条规定，“从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员严重不负责任，导致传染病传播或者流行，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役。”
根据1999年9月16日最高人民检察院发布施行的《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定》(试行)的规定，涉嫌下列情形之一的，应予立案：
1、导致甲类传染病传播的;
2、导致乙类、丙类传染病流行的;
3、因传染病传播或者流行，造成人员死亡或者残疾的;
4、因传染病传播或者流行，严重影响正常的生产、生活秩序的;
5、其他情节严重的情形。
由上述规定可知，行为人的行为具有上述情形之一，即应对其立案追究刑事责任。
二、司法解释
《关于办理妨害预防、控制突发传染病疫情等灾害的刑事案件具体应用法律若干问题的解释》 2003年5月15日起施行
第十六条 在预防、控制突发传染病疫情等灾害期间，从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员，或者在受政府卫生行政部门委托代表政府卫生行政部门行使职权的组织中从事公务的人员，或者虽未列入政府卫生行政部门人员编制但在政府卫生行政部门从事公务的人员，在代表政府卫生行政部门行使职权时，严重不负责任，导致传染病传播或者流行，情节严重的，依照刑法第四百零九条的规定，以传染病防治失职罪定罪处罚。
在国家对突发传染病疫情等灾害采取预防、控制措施后，具有下列情形之一的，属于刑法第四百零九条规定的“情节严重”：
(一)对发生突发传染病疫情等灾害的地区或者突发传染病病人、病原携带者、疑似突发传染病病人，未按照预防、控制突发传染病疫情等灾害工作规范的要求做好防疫、检疫、隔离、防护、救治等工作，或者采取的预防、控制措施不当，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的;
(二)隐瞒、缓报、谎报或者授意、指使、强令他人隐瞒、缓报、谎报疫情、灾情，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的;
(三)拒不执行突发传染病疫情等灾害应急处理指挥机构的决定、命令，造成传染范围扩大或者疫情、灾情加重的;
(四)具有其他严重情节的。
在司法实践中，对于传染病防治失职罪未遂的处理情况，应当严格按照法律规定的情况来进行处理，特别是对于相关情况的认定上，应当严格对照法律规定的处罚标准来进行办理，如果对相关情况的处理上存在异议的，可以结合实际来进行处理。